* Диск с игрой S.T.A.L.K.E.R.: Чистое Небо
    * Карта Зоны Отчуждения
    * Руководство пользователя
    * Сборник рассказов
    * Светящийся артефакт с символикой S.T.A.L.K.E.R.
    * Две банданы
    * Четыре нашивки группировок («Монолита», «Чистого неба», одиночек и бандитов)
    * Бензиновая зажигалка «S.T.A.L.K.E.R.»
    * DVD-диск с бонус-материалами (Фильм про создателей игры [продолжительностью 0:26:45]; саундтрек игры; 3 трейлера)
    * Металлический жетон S.T.A.L.K.E.R.

Немецкая версия коллекционного издания распространяется в металлической упаковке и в комплектации имеет рассказ «Апокалипсис». Об издании его в России издательством Эксмо ничего не сообщается.

Также существует более скромная, как по наполнению, так и по цене, DVD-BOX версия. В неё входят:

    * Диск с игрой S.T.A.L.K.E.R.: Чистое Небо
    * Руководство пользователя
    * Сборник рассказов

На момент поступления в официальную продажу русской версии коллекционного издания игры (31.10.08) в неё вошли следующие по содержанию фан-бонусы:

    * Буклет об особенностях игры
    * Металлический жетон S.T.A.L.K.E.R. Чистое Небо
    * Плакат с композицией «Лиманск 1985 — Посетите наш солнечный город!» и календарём с августа 2008 по июль 2009 года (отмечена дата выхода игры)
    * Карта Зоны (не имеет практического применения к игре)
    * Бандана с фирменным логотипом игры
    * Нашивка одной из группировок
    * Бензиновая зажигалка с гравировкой S.T.A.L.K.E.R. Чистое небо
    * Переливчатый шарик-артефакт (три батарейки типа AG-13 в комплекте)
    * Съёмки страйкбольной игры по «Сталкеру» и набор трейлеров (на отдельном DVD)
    * Сборник рассказов «Тени Чернобыля»