* Диск с игрой S.T.A.L.K.E.R.: Чистое Небо
* Карта Зоны Отчуждения
* Руководство пользователя
* Сборник рассказов
* Светящийся артефакт с символикой S.T.A.L.K.E.R.
* Две банданы
* Четыре нашивки группировок («Монолита», «Чистого неба», одиночек и бандитов)
* Бензиновая зажигалка «S.T.A.L.K.E.R.»
* DVD-диск с бонус-материалами (Фильм про создателей игры [продолжительностью 0:26:45]; саундтрек игры; 3 трейлера)
* Металлический жетон S.T.A.L.K.E.R.
Немецкая версия коллекционного издания распространяется в металлической упаковке и в комплектации имеет рассказ «Апокалипсис». Об издании его в России издательством Эксмо ничего не сообщается.
Также существует более скромная, как по наполнению, так и по цене, DVD-BOX версия. В неё входят:
* Диск с игрой S.T.A.L.K.E.R.: Чистое Небо
* Руководство пользователя
* Сборник рассказов
На момент поступления в официальную продажу русской версии коллекционного издания игры (31.10.08) в неё вошли следующие по содержанию фан-бонусы:
* Буклет об особенностях игры
* Металлический жетон S.T.A.L.K.E.R. Чистое Небо
* Плакат с композицией «Лиманск 1985 — Посетите наш солнечный город!» и календарём с августа 2008 по июль 2009 года (отмечена дата выхода игры)
* Карта Зоны (не имеет практического применения к игре)
* Бандана с фирменным логотипом игры
* Нашивка одной из группировок
* Бензиновая зажигалка с гравировкой S.T.A.L.K.E.R. Чистое небо
* Переливчатый шарик-артефакт (три батарейки типа AG-13 в комплекте)
* Съёмки страйкбольной игры по «Сталкеру» и набор трейлеров (на отдельном DVD)
* Сборник рассказов «Тени Чернобыля»