Алькатрас — протагонист игры, морпех из первого разведывательного батальона КМП США. Спасен Пророком после того, как на подлодку «Хьюстон» с Алькатрасом на борту напали пришельцы. По ходу игры выясняется, что без костюма Алькатрас погибнет от множественных ранений, полученных в начале игры. По ходу повествования ни разу не заговорил (исключение — финал игры, где он обронил одну фразу, представившись Пророком). Его внешность также неизвестна.

Пророк — настоящее имя Лоуренс Бернс, бывший глава отряда «Хищник». Покончил с собой в начале игры, но тем не менее постоянно общается с Алькатрасом через нанокостюм, который ему и передал. Возможно, сознание Пророка живет в нанокостюме. В русской локализации озвучивает Михаил Георгиу.

Джейкоб Харгрив — глава корпорации «Харгрив-Раш». Родился в 1896 году. Нашёл первые образцы нанотехнологии цефов на Тунгуске в 1919 году. Последние 30 лет своей жизни провел в криокамере, поддерживая свою жизнь через компьютер. Именно на него работал Пророк, он и является создателем и спонсором программы создания нанокостюмов. Погибает после взрыва Призмы. В русской локализации озвучивает Юрий Маляров.

Нейтан Гулд — бывший главный нанотехнолог корпорации «Харгрив-Раш». Друг Пророка, после встречи с Алькатрасом всячески помогает ему.

Командор Доминик Локхарт — глава войск C.E.L.L. Одержим идеей убийства Пророка (которого он и его бойцы часто именуют «консерва»), а про его смерть так и не узнал. Убит Алькатрасом по приказу Харгрива. В русской локализации озвучивает Денис Некрасов.

Тара Стриклэнд — дочь майора Стриклэнда, погибшего в первой части. Под прикрытием работает на C.E.L.L., являясь агентом ЦРУ. Именно она послала отряд Алькатраса на поиски Гулда. В русской локализации озвучивает Лариса Никипелова.

Чайно — морпех США, друг Алькатраса. В русской локализации озвучивает Владислав Копп.

Полковник Шерман Баркли — полковник морской пехоты США. Руководит эвакуацией гражданских из Нью-Йорка. В русской локализации озвучивает Александр Коврижных.